Centralna Sterylizatornia przeprowadza proces sterylizacji narzędzi medycznych. Zabezpiecza ona wszystkie oddziały oraz Specjalistyczną Przychodnię Przyszpitalną Szpitala Czerniakowskiego w sterylne narzędzia. Sterylizacja (inaczej wyjaławianie) to jednostkowy proces technologiczny polegający na zniszczeniu wszystkich, zarówno wegetatywnych, jak i przetrwalnikowych oraz zarodnikowych form mikroorganizmów. Ma ona działanie prewencyjne, mające na celu zapobieganie zakażeniom Prawidłowo wysterylizowany materiał jest jałowy – nie zawiera żadnych żywych drobnoustrojów (także wirusów) oraz ich form przetrwalnikowych. Proces sterylizacji w sterylizatorni Szpitala Czerniakowskiego obejmuje: mycie, dezynfekcję, pakietowanie i wysterylizowanie materiałów i narzędzi. Centralna Sterylizatornia Szpitala Czerniakowskiego posiada nowoczesny sprzęt: 2 autoklawy parowe typu SMS do sterylizacji wysokotemperaturowej, sterylizator plazmowy do sterylizacji niskotemperaturowej, 3 myjnie do termiczno-chemicznego mycia/dezynfekcji narzędzi, myjnię do mycia butów, myjnie ultradzwiękową. Przestrzeganie przez Centralną Sterylizatornię norm i instrukcji wewnętrznych oraz odpowiedzialność i zaangażowanie jej pracowników daje gwarancję zapewnienia sterylnych wyrobów medycznych, co znacznie mniejsza ryzyko zakażeń podczas wykonywanych zabiegów i operacji. Centralna Sterylizatornia Szpitala Czerniakowskiego wykonuje odpłatne usługi sterylizacyjne dla podmiotów zewnętrznych.
