Funkcję Zgromadzenia Wspólników Szpitala Czerniakowskiego w Warszawie Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością pełni Prezydent Miasta Stołecznego Warszawy.
Bieżący nadzór właścicielski w imieniu Prezydenta sprawuje – zgodnie z Regulaminem Organizacyjnym Urzędu Miasta Stołecznego Warszawy –Biuro Ładu Korporacyjnego Urzędu.